Alle Schülerinnen und Schüler der Friedrich-Wöhler-Schule lernen in jahrgansgemischten Gruppen. Die Kinder der ersten beiden Jahrgänge werden gemeinsam in Klassen der Stufe I unterrichtet. Schülerinnen und Schüler der Jahrgänge 3 und 4 werden gemeinsam in Klassen der Stufe II unterrichtet.
Die Klassenlehrkräfte wechseln nicht mit in die nächste Stufe, sondern verweilen in der Lerngruppe. Die Kinder lernen ihre zukünftigen Klassenlehrkräfte in der Stufe I bereits als Fachlehrkräfte kennen. Beim Wechsel in die nächste Stufe unterrichtet die vorherige Lehrkraft ebenfalls ein Fach. So haben die Schülerinnen und Schüler während ihrer Schulzeit, neben den Erzieherinnen und Erzieher aus dem Ganztag, mindestens zwei Bezugspersonen.
Die Dachse sind eine Kooperationsklasse mit dem regionalen Beratung- und Förderzentrum. Hier werden Schülerinnen und Schüler nach dem ETEP-Programm (ETEP: Entwicklungstherapie/Entwicklungspädagogik) unterrichtet.
Immer eine Stufe I Klasse sowie eine Stufe II Klasse bilden zusammen ein Lernhaus.